Der in San Juan/Puerto Rico geborene und aufgewachsene Miguel Zenón begann mit zehn Jahren Musik zu machen. Er besuchte die Escuela Libre de Música, eine Kunsthochschule in San Juan, bis ihm schließlich ein Stipendium für das Berklee College of Music angeboten wurde. Schon während seiner Studienzeit trat er in Boston mit Danilo Pérez, Bob Moses und dem Either/Orchestra auf. 1998 zog er nach New York weiter und besuchte dort die Manhattan School of Music. Danach arbeitete er unter anderem mit dem David Sánchez Sextet, der Mingus Big Band, Steve Coleman, Charlie Haden und dem SF JAZZ Collective. Sein erstes eigenes Album spielte er 2002 unter dem Titel "Looking Forward" für das Label Fresh Sound New Talent ein. Für Marsalis Music nahm er danach die Alben "Ceremonial" (2004), "Jíbaro" (2005), "Awake" (2008) und jüngst "Esta Plena" (2009) auf.